On peut arriver d’Athènes à Amorgos par des navires qui partent des ports de Pirée et de Rafina.
Le voyage a une durée qui oscille, selon l’itinéraire, entre 7 et 9 heures se servant de navires traditionnels et entre 4 ou 5 heures se servant de navires rapides (catamarans – hydrofoils).
Les navires relient Athènes à Amorgos trois ou quatre fois à la semaine en hiver et six ou huit fois par semaine en été.
Autrement, on peut arriver par avion aux îles voisines de Paros ou Naxos et utiliser par la suite le service de navette qui relie journellement ces dernières à Amorgos.
Pendant l’été, on peut aussi arriver par avion à Santorin et d’ici rejoindre Amorgos par hydrofoil en 50 minutes seulement.
De plus, Amorgos dispose d’un héliport équipé.
Le voyage en hélicoptère dure à peu près 60 minutes et doit être organisé à titre privé.