Habitée dès l’an 4000 avant Jésus-Christ, il semble que l’île doive son nom actuel à la plante rare du Murgos de laquelle on tirait une teinte rouge qu’on employait dans la coloration des tuniques impériales.

Après la prospère période des Cyclades, dont on garde d’intéressantes traces, au cours de l’époque hellénique l’île fut sous le contrôle d’Athènes et fit partie de l’Union de Delos.

L’île passa par la suite aux Macédoniens et enfin aux Romains.

L’île resta dans l’empire Romain (Rome et Constantinople) rien de moins que pour 1350 ans, jusqu’à quand, au début du XIII siècle, elle devint une possession vénitienne.

Après environ 300 ans de présence vénitienne, Amorgos tomba sous l’occupation des Turcs.

En 1823, l’île gagna la liberté à l’égard de l’empire ottoman et entra dans le nouvel État de Grèce.